Lembaga Peningkatan dan Pengembangan Aktivitas Instruksional dipimpin oleh Kepala dan dibantu oleh seorang Sekretaris, yang diangkat oleh dan bertanggung jawab kepada Rektor, yang selanjutnya disebut LP2AI. Kegiatan LP2AI dilakukan oleh pusat-pusat peningkatan dan pengembangan pembelajaran yang dimiliki universitas seperti Pusat Pengelolaan e-Learning, Pusat Peningkatan Kualitas Pembelajaran, dan Pusat Sumber Belajar.