Lembaga Pengembangan dan Studi Islam dipimpin oleh Kepala dan dibantu oleh seorang Sekretaris, yang diangkat oleh dan bertanggung jawab kepada Rektor, yang selanjutnya disebut LPSI. Kegiatan LPSI dilakukan oleh pusat-pusat pengembangan dan pengkajian yang dimiliki Universitas seperti Pusat Pembinaan Kader, Pusat Studi Keislaman dan Pemberdayaan ZIS.